Als Prägung wird ein Programm bezeichnet, dass die Engeloiden, in denen es implementiert wurde, an eine Person binden, die sie als ihren Meister bezeichnen, und denen sie anschließend dienen. Beim Prägungsprozess umschlingt die meist am Hals des Engeloiden sitzende Kette die Hand der Person und es werden Informationen der Person im Engeloiden gespeichert. Das erste Mal taucht die Prägung in der ersten Staffel "Sora no Otoshimono" Folge 1 "Ein "nackter" Held erscheint/erwacht" auf. Dabei bindet sich Ikaros an Tomoki.
Hiyori in der Gestalt des Engeloiden von Typ Zeta war sogar fünffach geprägt. An den Armen, an den Beinen und regulär am Hals. Dies konnte man im Film sehen.
Ein Engeloid kann die Prägung selbstständig entfernen, und sich dazu entschließen, frei zu leben. Ein Beispiel dafür ist Astraea als sie in der zweiten Staffel "Sora no Otoshimono Forte" in Folge 8 "Die Stimmen der Sängerinnen und der Engel schallen durch den Himmel" ihre Prägung einfach abriss.